O Seminário da Conceição está erguido no Morro do Bom Despacho, ao lado da Igreja de Nossa Senhora do Bom Despacho, patrimônio legado aos cuiabanos por Dom José Antônio dos Reis, primeiro Bispo de Cuiabá (1832-1876). A construção do Seminário começou em 1858, com Dom José Antônio e foi concluída em 1882, por seu sucessor Dom Carlos Luiz D’Amour, segundo Bispo e primeiro Arcebispo de Cuiabá (1878-1921).
